Mystical Ninja Starring Goemon

Hikaye, Goemon'un Peach Mountain Shoguns çetesinin Japonya'yı Batılılaşmış bir güzel sanatlar tiyatrosuna dönüştürmesini engelleme mücadelesini konu alıyor. Konu, üç sinematik müzikal özelliği ve dev robotlar arasındaki savaşları içeriyor; diğer Ganbare Goemon oyunları gibi sürrealist mizah ve anakronizmlerle doludur. Mystical Ninja'nın kahramanı, efsanevi hırsız Ishikawa Goemon'u temel alan, mavi, gür saçlı, sıcak kanlı, kiseru kullanan bir ninja olan Goemon'dur. Oedo'nun efendisi ondan Oedo Kalesi'ni sakatlayanları bulmasını ister. Goemon, Oedo Kasabasında yaşıyor ve mavi bandana takan tuhaf, obur, şişman bir adam olan Ebisumaru ile arkadaş. Ebisumaru tembel ve sapık olarak tanımlanıyor. Kunai fırlatan arkadaşları Sasuke, sıcak banyolardan ve Japon çayından hoşlanan mekanik bir ninjadır (Iga'nın Bilge Adamı tarafından yapılmıştır). Kahramanlar arasında, Zazen Kasabasında Goemon'un grubunun başına gelen, kılıç kullanan şiddetli bir kunoichi olan Yae yer alıyor. Oyunun kötü adamları Peach Mountain Shoguns organizasyonundan geliyor ve Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) ve Kitty Lily'nin (Margaret Ranko) liderliğindeki dört "tuhaf"tan oluşan bir çeteyi içeriyor. Japonya'yı yetenekleri için bir sahneye dönüştürmeyi planlıyorlar.