Bahamut Lagoon, RPG mekaniğini takım tabanlı dövüşle birleştiriyor. Karakterler, geleneksel konsol RPG'lerine çok benzeyen HP, MP (savaşçı karakterler için SP), EXP, ekipman, istatistikler ve sınıfa özgü, SP tüketen özel temel yeteneklere sahiptir. Oyuncu, savaş olmadığı zamanlarda çevresini keşfedebilir, insanlarla konuşabilir ve mağazaları ziyaret edebilir, ancak sınırlı bir dereceye kadar dünya haritası olmadığı ve mevcut bölgeyi terk etmenin bir yolu olmadığı için.
Oyunun özü, 2 boyutlu bir ızgarada yapılan sıra tabanlı savaşlardır. Karakterler dörtlü partiler halinde toplanır ve oyuncu en fazla altı partiye izin verir ve bu partilerin sayısı genellikle oldukça fazladır. İki karşıt taraf dönüşümlü olarak hareket eder, böylece her bir taraf bir kez hareket edebilir ve/veya bir turda bir kez saldırabilir. Saldırılar uzak ve yakın dövüş olarak ikiye ayrılır. İlkinde, bir parti, üyelerinden birinin özel bir yeteneğini (örneğin ateş topu atmak, yıldırım atmak, müttefiklerini iyileştirmek gibi) uzaktan kullanır. Hasarın menzili ve olası etki alanı yeteneğe göre değişir. Saldıran tarafın aynı yeteneğe sahip iki veya daha fazla karakteri varsa, etkinliğini artırmak için aksiyona katılırlar. Uzak dövüş daha az para ve genellikle daha az hasarla sonuçlanır, ancak hedef misilleme yapamaz. Uzaktan yapılan saldırılar sahayı da etkileyebilir; yangın ve buz, ormanları tutuşturur veya söndürür ve buzu eritir veya dondurur, vb. Yakın çekimde, iki bitişik karşıt tarafın her birimi bir kez hareket edebilir. Final Fantasy SNES dövüşüne çok benzer şekilde, bir düşmana saldırabilir, bir eşyayı veya özel bir yeteneği kullanabilirler (gerçi